Menurut cerita para sesepuh Desa, pada masa Pemerintahan Bupati Banjar Watu Lembu dijabat oleh R. Ngabehi Mangunyudo II, masyarakat di sebuah pedukuhan yang berada di lereng selatan gunung Pawinihan lebih mengenalnya dengan R. Tumenggung Kertonegoro III atau Mangunyudo Sedo Mukti. R. Tumenggung Kertonegoro III atau Mangunyudo Sedo Mukti sering berkunjung dan bermalam di sebuah pedukuhan tersebut, namun masyarakat lebih mengenalnya Mbah Sida Mukti. Bahkan konon ceritanya, sering bertapa/menyendiri dan menenangkan diri di puncak gunung Pawinihan yang sampai sekarang petilasan tempat untuk bertapa tersebut masih dikeramatkan oleh sebagian warga masyarakat disekitar wilayah gunung Pawinihan dan sering juga dikunjungi orang-orang untuk bersemedi, menenangkan diri atau sekedar berziarah.

Kemudian ketika masa perang Diponegoro berlangsung, pedukuhan yang berada di lereng selatan gunung Pawinihan tersebut, dipergunakan untuk mengandang kuda-kuda sekaligus beristirahat para pejuang dan prajurit Pangeran Diponegoro yang sedang bergerilya melawan penjajah Belanda dengan di pimpin oleh Pangeran Surya Atmaja. Tempat yang dipergunakan untuk lokasi istirahat dan mengandang kuda-kuda pasukan Pangeran Diponegoro tersebut, sampai saat ini masih di abadikan dengan nama sawah “kandhang”.

Hingga suatu saat ketika Mbah Sida Mukti yang sebenarnya yaitu R. Tumenggung Kertonegoro III atau Mangunyudo Sedo Mukti, Bupati Banjar Watu Lembu yang bergelar R.Ngabehi Mangunyudo II kembali berkunjung ke pedukuhan yang sering dipergunakan untuk beristirahat dan mengandang kuda-kuda para prajurit Pangeran Diponegoro pimpinan Pangeran Surya Atmaja, pedukuhan tersebut diberi nama “Pekandangan”, yaitu berarti tempat yang dipergunakan untuk mengandang.

Kemudian lama-kelamaan pedukuhan yang telah bernama Pekandangan tersebut berkembang menjadi sebuah Desa seiring dengan bertambahnya jumlah penduduk yang bermukim dan berdomisili di pedukuhan Pekandangan. Berdasarkan riwayat turun temurun yang diceritakan para sesepuh Desa juga, bahwa pemberian nama Desa Pekandangan oleh Mbah Sida Mukti (R. Tumenggung Kertonegoro III atau Mangunyudo Sedo Mukti) tersebut, disamping karena sebagai tempat untuk beristirahatnya para prajurit Pangeran Surya Atmaja dan untuk mengandang kuda-kudanya, Pekandangan juga mengandung kiasan yang berarti Desa yang “pépék sandang lan pangan” (cukup sandang/pakaian dan makanan). Dan hingga saat ini, nama Desa Pekandangan tetap di pergunakan sebagai Desa yang masuk dalam wilayah Kecamatan Banjarmangu Kabupaten Banjarnegara dengan luas wilayah 181,627 Ha, ada 2 Dusun yaitu Dusun 1 Kalidondong, Dusun 2 Pekandangan, ada 3 Rukun Warga dan 10 Rukun Tetangga. Kemudian hingga naskah ini disusun, sejarah ataupun legenda mengenai Desa Pekandangan belum dijumpai dan belum ada bukti historisnya. Hanya cerita “turun-temurun” dari para orang tua dan sesepuh di Desa Pekandangan.

Mulai Tahun 1942 demokratisasi di Desa Pekandangan telah berlangsung yang ditunjukkan dengan pemilihan pemimpin Desa secara langsung. Masyarakat Desa Pekandangan menggunakan hak pilihnya untuk menentukan pemimpin Desa yang pada saat itu disebut Lurah dengan cara “tawonan”, yaitu calon Lurah berdiri di tanah lapang, kemudian masyarakat yang memilih calon Lurah tersebut berkerumun atau mendekat kepada calon Lurah yang dipilhnya. Calon Lurah dengan kerumunan masyarakat terbanyak, itulah yang terpilih menjadi Lurah. Pada Tahun 1953 pemilihan Lurah sudah menggunakan metode “bithing” / sejenis bambu yang dibelah menjadi beberapa bagian kecil dan dibuat sedemikian rupa dengan ukuran tertentu, kemudian dimasukkan kedalam “bumbung” yaitu sejenis tempat terbuat dari bambu yang dipotong dengan menyisakan ruas pada bagian bawahnya, sesuai dengan tanda/simbol calon Lurah (berupa hasil pertanian seperti : padi, jagung, ketela, kelapa dan lain-lain). Kemudian tanda/simbol calon Lurah dengan bithing terbanyak terpilih menjadi Lurah.

Adapun yang pernah memimpin Pemerintahan Desa Pekandangan dari sepanjang yang diketahui berdasarkan cerita para sesepuh Desa sampai era kepemimpinan Kepala Desa Pekandangan saat ini adalah sebagai berikut :

1. Sebelum masa Kemerdekaan Indonesia, sampai dengan tahun kedatangan tentara Jepang di Indonesia yaitu sekitar Tahun 1941 Desa Pekandangan dipimpin oleh : Raden Mas Wirakrama (lebih dikenal masyarakat dengan nama Lurah Kyai Cengkung) dan Ki Ageng Tirto Brojonoto (Mbah Pancawura).
2. Pada Tahun 1941 s.d. Tahun 1952, Desa Pekandangan dipimpin oleh Lurah yang bernama
3. Pada Tahun 1952 s.d. Tahun 1957, Desa Pekandangan dipimpin oleh Lurah yang bernama AMAD YUSUP.
4. Pada Tahun 1957 s.d. Tahun 1975, Desa Pekandangan dipimpin oleh Lurah yang bernama AMAD ILYAS. Peraturan Perundang-undangan yang berlaku pada saat itu adalah mulai dari Undang-Undang Nomor 1 Tahun 1957, selanjutnya diubah menjadi Undang-Undang Nomor 18 Tahun 1965.

5. Pada Tahun 1975 s.d. Tahun 1987 Pemerintah Desa Pekandangan dipimpin oleh Kepala Desa yang bernama ACHMAD ANSYORI. Dengan diterbitkannya Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1974 dan Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1979 terjadi penyeragaman nama, bentuk, susunan dan kedudukan Pemerintah Desa secara nasional, sehingga istilah pimpinan Desa diubah dari Lurah menjadi Kepala Desa, dan padukuhan/dukuh diubah menjadi Dusun/RW.

6. Pada Tahun 1988 s.d. Tahun 1998, Desa Pekandangan dipimpin oleh Kepala Desa yang bernama ACHMAD ANSYORI. (Kembali terpilih menjadi Kepala Desa untuk periode kedua hasil Pemilihan Kepala Desa Tahun 1988).
7. Pada Tahun 1999 - 2007 Pemerintah Desa Pekandangan dipimpin oleh Kepala Desa yang bernama SUROSO. Dengan terbitnya Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999, jabatan Kepala Desa dibatasi selama 8 (delapan) tahun.

8. Pada Tahun 2007 HERI SUSILO YUWONO terpilih sebagai Kepala Desa Pekandangan, untuk masa jabatan Tahun 2007 – 2013.
9. Hasil Pemilihan Kepala Desa Pekandangan tanggal 10 Juni 2013 yang dilaksanakan secara demokratis, terpilih kembali HERI SUSILO YUWONO (untuk kedua kalinya) sebagai Kepala Desa Pekandangan Periode Tahun 2013 – 2019. Pada masa periode ini yaitu Tahun 2014, diberlakukan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa.
10. Pelaksanaan Pemilihan Kepala Desa Pekandangan tanggal 31 Juli 2019, terpilih Kepala Desa ADHI SETIAWAN, S.Pd., yang dilantik pada tanggal 11 Desember 2019 untuk masa jabatan periode Tahun 2019 – 2025.